El terme de Rupit i Pruit neix a partir del terme castral de Castell de Fàbregues, documentat a l’any 968. És en aquest mateix segle, des del 928, que es comencen a trobar referències documentals de llocs del terme. Des de l’inici del segle XI Tot el terme del castell de Fàbregues pertanyia als vescomtes d’Osona o Cardona. L’abandó del castell de Fàbregues va comportar la divisió del terme castral d’aquest en dos, en el castell de Rupit i en el de Fornils,cap al 1040, quan apareix la primera menció del castell de Rupit en el testament del vescomte-bisbe Eriball. Lluny de dividir el domini jurisdiccional dels dos termes, aquest es consolidà; la denominació acostuma a ser sempre en època baixmedieval i moderna terme dels castells de Rupit i Fornils, compartint institucions de govern local com la cúria del batlle i extingint la referència al castell de Fàbregues. Al voltant de l'anomenat castell de la Bastida, de Rupit, es començà a configurar la vila cap al segle XII o inicis del XIII, època en què el castell de Fornils, documentat des de 1177, anava perdent importància.
Al 1369 Huguet, hereu de la família Cardona, ven a Gilabert VI de Cruïlles el domini dels termes de Rupit i Fornils. A partir d’aquest moment seran els Cruïlles els seus descendents, emparentats amb altres famílies nobles, qui senyorejaran el terme fins a l’extinció de les jurisdiccions al segle XIX. Al 1658 entronquen amb el marquès de Risbourg Benjamí de Bournonville. Al 1681 Antoni de Bournoville és creat marquès de Rupit, títol que serà l’utilitzat pels senyors a partir d’aquest moment. Posteriorment, la família dels marquesos entroncarà amb els comtes d’Aranda i ducs d’Híjar, intitulant-se també sempre, això si, marquesos de Rupit. El Terme de Rupit i Fornils romandrà unit a nivell jurisdiccional fins entrat el segle XIX, quan les diferents pàrròquies es constituiran en municipis independents.
Fins al 1955 el terme municipal s’anomenava Sant Joan de Fàbregues, a partir d’aquest any el municipi es passa a dir de Rupit fins a l’any 1978 que és quan hi ha l’agregació amb Pruit, quedant el municipi tal i com es coneix en l’actualitat.