Els òrgans permanents de govern de la MIGRAUM són els següents:
- L'Assemblea General
- La Comissió Executiva
- El President i els Vice-presidents
Complementa aquesta estructura permanent la Comissió Especial de Comptes.
L'Assemblea General i la Comissió executiva poden crear, regular, modificar i disoldre altres òrgans complementaris, amb caràcter permanent o conjuntural, per a l' estudi, seguiment, consulta o informe dels assumptes que hagin d'ésser resolts pels òrgans decisoris. Aquests òrgans poden ser oberts a la participació dels tècnics i altres experts que es consideri oportú, així com a representants dels usuaris i del Departament d de la Generalitat de Catalunya competent en matèria de medi ambient.
Funcions d'aquests òrgans:
- Assemblea General: veure article 12 dels Estatuts.
- Comissió Executiva: veure article 13 dels Estatuts.
- President i Vice-presidents: veure article 14 dels Estatuts.
- Comissió Especial de Comptes: veure article 15 dels Estatuts.
Qui en forma part:
- Assemblea General: Està integrada per representants de tots els ajuntaments mancomunats, a designar per aquests. El nombre de representants es determina en funció del nombre d'habitants de dret de cada municipi, segons la distribució següent:
Grup a) Municipis fins a 499 habitants, un representant.
Grup b) Municipis des de 500 fins a 999 habitants, dos representants.
Grup e) Municipis a partir de 1000 habitants, tres representants.
- Comissió Executiva: Està integrada per un representant de cada ajuntament mancomunat, a designar per aquests entre els seus representants a l'Assemblea General.
- President: Elegit per l'Assemblea General.
- Vice-presidents: Elegits entre els membres de la Comissió Executiva.
- Comissió Especial de Comptes: Està integrada pels membres de la Comissió Executiva.