El terme municipal d’Alòs de Balaguer ja era habitat en temps del Paleolític. El nom del municipi és d’orígen desconegut, probablement pre-romà. La primera referència escrita d’Alòs descriu que el Comte d’Urgell, Ermengol II, rep de mans del seu oncle, el Comte de Barcelona, Ramon Borrell, els castells d’Alòs, Montmagastre, Malagastre i Artesa amb data 28 de setembre de 1011.
L’any 1330, el rei Alfons VI el Benigne creà el Marquesat de Camarasa, en favor del seu fill Ferran. Durant un temps, doncs, el poble es conegué com a Alòs del Marquesat, abans de prendre el nom oficial d’Alòs de Balaguer.
La Guerra dels Segadors va suposar la misèria per a molts i la pesta, davant la cual, el poble va demanar protecció a Sant Sebastià.
La població, estacionada fins al 1700, havia experimentat un gran creixement, de manera que al 1860 arribà a 1080 persones, que no podien alimentar.se adequadament. Molts habitants varen emigrar, especialment a Buenos Aires.
Durant la Guerra Civil de 1936-1939, el front estigué estacionat prop d’Alòs uns vuit mesos i varen volar l’arcada central del pont. L’emigració a Barcelona esdevingué habitual en les dècades posteriors.
A partir de 1970, el municipi, millorant molt les seves comunicacions, serveis, conservació del patrimoni, arranjament de fonts, etc, començà a ser molt atractiu per a estiuejants i per a segones residències.
La riuada de 1982 va destruir el centenari pont de pedra i se’n va construir un de nou.