El terme municipal de Peralada és situat al bell mig de l’Alt Empordà, envoltada dels cursos fluvials dels rius Llobregat d’Empordà i Orlina, que l’encerclen pel sud-est i per l’est, on més tard conflueixen en el riu Muga.
El municipi comprèn, a més de la vila de Peralada, el poble de Vilanova de la Muga i molts veïnats, alguns de molt antics. Els veïnats que formen part de Peralada són Sant Bernat i el Mas del Sepulcre, Les Olives (Peralada), l’Estanyol, Montmajor i la Garriga, Sant Joan Sescloses i Vallgornera.
El terme de Peralada està ben comunicat. Antigament, hi passava un camí medieval que travessava els Pirineus pel coll de Banyuls. Actualment, hi ha la carretera comarcal de la Bisbal d’Empordà a Portbou i una altra carretera més al sud-est de Figueres, a Vilajuïga, que enllaça amb l’anterior. Les altres carreteres locals uneixen Peralada amb Castelló d’Empúries, Mollet de Peralada, Sant Climent Sescebes i Espolla, i una altra amb Cabanes, i per Vilanova de la Muga passa una carretera que comença a Castelló d’Empúries, que porta fins a Peralada, i una altra fins a Vilatenim. Són nombrosos els camins de carro antics que uneixen la vila amb els veïnats.