El nom de Sunyer podria provenir d'algun dels seus antics repobladors, potser de la noble família dels Cervera, ja que en un document del 1218 consta que Ramon de Cervera, un dels catalans de Lleida, va vendre a Arnau de Sanaüja (que també era senyor de les Borges Blanques) el castell i lloc de Sunyer per 1.800 morabatins.
El darrer senyor de les Borges i de Sunyer d'aquest llinatge, Pere de Sanaüja, testà el 1342 i el seu casal es convertí per obra dels seus marmessors en la Paeria de Lleida. Aquests mateixos marmessors traspassaren Sunyer a Pere Sescomes per 5.000 sous, i el mateix Pere cedí el 1358 els pobles de Sunyer, Vinfaro, Alcanó i Alfés al seu fill Joan Sescomes, àlies de Borriac, que era un opulent ciutadà de Lleida.
L'any 1553, quan tenia 30 focs, Sunyer era del capítol de la seu de Lleida, que conservà el lloc fins a l'abolició de les senyories.
Els orígens del poble de Sunyer es poden suposar a lèpoca àrab, ja que existeix una llegenda medieval que ens parla de Sunyer al llibre de Joan Amades, Folklore de Catalunya.
A Aitona els seus veïns tenien molta afecció a criar galls, i a la població nhi havia uns quants milers. Quan els moros envaïren Catalunya, damagat varen concentrar un gros exèrcit a Soses amb el propòsit de destruir lexèrcit cristià, que dormia a Sunyer. Déu volgué ajudar els cristians i féu cantar alhora tots els galls dAitona i van fer un soroll tan fort, que despertaren els cristians, que interpretaren el cas com un avís celestial, i van poder destruir a lexèrcit moro. Es per lexercit cristià que dormia a Sunyer que lescut té uns ulls que simbolitzen la son.