La Junta General, que representa tots els ens consorciats, és l’òrgan suprem de deliberació i de decisió del SIGMA.
L’integren les persones titulars de la Presidència del Consorci, que la presideixen, sis vocals que han de ser regidors o regidores de l’Ajuntament d’Olot i sis vocals que han de ser consellers o conselleres del Consell Comarcal de la Garrotxa i la persona titular de la Direcció del SIGMA, amb veu i sense vot.
La Junta General s’ha de reunir com a mínim un cop cada quatre mesos en sessió ordinària, i en sessió extraordinària quan ho decideixin el president o la presidenta, el copresident o la copresidenta o una quarta part del nombre legal dels seus membres.
La Presidència del SIGMA exerceix les funcions d’alta representació institucional del Consorci i les de caràcter executiu i d’impuls, direcció i supervisió de les seves activitats i serveis que li atribueixen aquests Estatuts.
La Presidència del Consorci està formada pel president o la presidenta, que és el president o presidenta del Consell Comarcal de la Garrotxa, i pel copresident o la copresidenta, que és l’alcalde o alcaldessa d’Olot.
La Junta de Govern del SIGMA és un òrgan de direcció i gestió executiva del Consorci.
L’integren les persones titulars de la Presidència del Consorci, que la presideixen, i els vocals que la Junta General acordi amb criteris de paritat entre representants del Consell Comarcal i de l'Ajuntament d'Olot.
Tenen dret a assistir a les sessions de la Junta de Govern, amb veu però sense vot, un o una electe local en representació de cada una de les formacions polítiques que exerceixin responsabilitats de govern en municipis de la Garrotxa que exerceixin competències a través del Consorci i no estiguin representades en aquest òrgan.
Es considera convenient que hi participin amb veu i sense vot un representant de cada un dels grups polítics comarcals que disposen de responsabilitat de govern en algun municipi de la comarca i dels dos càrrecs de gerència del Consell Comarcal i de l’Ajuntament d'Olot.
La Junta de Govern es convocarà mensualment de forma ordinària, excepte aquells mesos que s'hagi convocat la Junta General.